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發酵工程，是指采用現代工程技術手段，利用微生物的某些特定功能，為人類生產有用的產品，或直接把微生物應用于工業生產過程的一種新技術。發酵工程的內容包括菌種的選育、培養基的配制、滅菌、擴大培養和接種、發酵過程和產品的分離提純等方面
    1、在醫藥工業上的應用：基于發酵工程技術，開發了種類繁多的藥品，如人類生長激素、重組乙肝疫苗、某些種類的單克隆抗體、白細胞介素－2、抗血友病因子等。
    2、在食品工業上的應用：主要有三大類產品，一是生產傳統的發酵產品，如啤酒、果酒、食醋等；二是生產食品添加劑；三是幫助解決糧食問題。
    3、在環境科學領域的應用：污水處理中微生物的強化。